Добрый день.
Цитата: Образовательная организация в прошлом году закрылась на кап.ремонт, в штате осталось менее 15 человек.
То есть вы увольняли в связи с ремонтом "лишних" работников? Но тогда и право на нулевую ставку было вами утрачено.
Цитата: получается в году 3 месяца, когда численность была менее 15 человек. Если поставить численность менее 15, то снимут нулевую ставку.
Да, налог надо пересчитать.
Цитата: 3. Организации, указанные в пункте 1 настоящей статьи, вправе применять налоговую ставку 0 процентов, если они удовлетворяют следующим условиям:1) если организация имеет лицензию (лицензии) на осуществление образовательной и (или) медицинской деятельности, предоставленную (предоставленные) в соответствии с законодательством Российской Федерации;2) если доходы организации за налоговый период от осуществления образовательной деятельности, присмотра и ухода за детьми и (или) медицинской деятельности, а также от выполнения научных исследований и (или) опытно-конструкторских разработок, учитываемые при определении налоговой базы в соответствии с настоящей главой, составляют не менее 90 процентов ее доходов, учитываемых при определении налоговой базы в соответствии с настоящей главой, либо если организация за налоговый период не имеет доходов, учитываемых при определении налоговой базы в соответствии с настоящей главой;4) если в штате организации непрерывно в течение налогового периода числятся не менее 15 работников;5) если организация не совершает в налоговом периоде операций с векселями и производными финансовыми инструментами.4. При несоблюдении организациями, указанными в пункте 1 настоящей статьи, перешедшими на применение налоговой ставки 0 процентов в соответствии с настоящей статьей, хотя бы одного из условий, установленных пунктом 3 настоящей статьи, с начала налогового периода, в котором имело место несоблюдение указанных условий, применяется налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 284 настоящего Кодекса. При этом сумма налога подлежит восстановлению и уплате в бюджет в установленном порядке с уплатой соответствующих пеней, начисляемых со дня, следующего за установленным статьей 287 настоящего Кодекса днем уплаты налога (авансового платежа по налогу).
Я бы не советовала искажать данные в отчётности; при проверке это может обойтись в разы дороже.